學校現有國家重點學科4個：中醫外科、中藥學、中醫內科及中醫骨傷科學，另有國家重點學科（培育）2個：中醫醫史文獻學、針灸推拿學；上海市重點學科9個。上海市高校E-研究院2個；上海市教委第五期重點學科5個。
教育部高等學校重點學科（國家級重點學科）3個：
中醫外科
中藥學
中醫內科
上海市重點學科7個：
中藥學（重中之重學科）、中醫內科學、中醫系統實驗方劑學、中醫醫史文獻學、針灸推拿學、中醫骨傷科學、中醫外科學
學校現有國家重點學科4個：中醫外科、中藥學、中醫內科及中醫骨傷科學，另有國家重點學科（培育）2個：中醫醫史文獻學、針灸推拿學；上海市重點學科9個。上海市高校E-研究院2個；上海市教委第五期重點學科5個。
教育部高等學校重點學科（國家級重點學科）3個：
中醫外科
中藥學
中醫內科
上海市重點學科7個：
中藥學（重中之重學科）、中醫內科學、中醫系統實驗方劑學、中醫醫史文獻學、針灸推拿學、中醫骨傷科學、中醫外科學
